Se acerca una tormenta submarina, por lo que Kwazii ayuda a algunas criaturas en un arrecife de coral a ponerse a salvo, pero luego choca el Gup-B mientras intenta volver corriendo al Octomódulo. Cuando la cuerda de remolque del GUP-C se rompe mientras lo rescata, algunas langostas de arrecife que Kwazii ayudó antes, echaron una mano sujetando los extremos rotos de la cuerda con sus fuertes garras.
Los octonautas se propusieron encontrar y fotografiar al primo perdido de Inkling, el calamar gigante que resultó ser muy escurridizo.
La tripulación debe atrapar al octomódulo fugitivo después de que sea secuestrado por un grupo de crustáceos que intentan huir de un área del lecho marino contaminada con algas por una tubería rota.
Una morsa confunde el maletín médico de Pepe con una almeja y se lo lleva a casa. A las morsas no les gustan otros animales cerca de sus colonias, por lo que el Capitán Polar, Cuasi y Pepe se disfrazan de una morsa para colarse en la peligrosa colonia y recuperar la bolsa médica.
Un banco de peces voladores se lleva accidentalmente el raro libro del profesor Inkling y los octonautas arman el GUP-B para recuperarlo.
Cuando el Octomódulo navega bajo el agua hacia la tierra natal del Capitán Polar, el Polo Norte , queda atrapado en el hielo marino del Ártico, pero uno de los viejos amigos de Barnacles, Boris el narval, los ayuda a romper el hielo con su largo colmillo.
Kwazii (Cuasi) tiene un mapa pirata que muestra la ubicación de un barco del tesoro hundido que supuestamente alberga un monstruo marino parecido al Kraken, pero en realidad resulta ser un pulpo que puede cambiar de color para camuflarse.
El capitán Polar y Kwazii investigan una interrupción en un arrecife cercano; Un cangrejo portador y el erizo que mantiene encima de su caparazón como defensa contra los depredadores tienen una pelea y parece que no pueden llevarse bien.
Los octonautas creen que han visto un fantasma, pero resulta ser una ballena jorobada albina que gime de dolor por una desagradable quemadura solar.
Shellington va a buscar a un grupo de Remipedios en una cueva pero no ha conducido la GUP-D nunca antes, por lo que termina estrellándola y rompiéndola. Los otros octonautas intentan salvarlo pero también se pierden. Afortunadamente, un grupo de Remipedios ciegos los ayuda a encontrar la salida de la cueva.
Una enorme orca está varada en la playa de una pequeña isla desierta, tras muchos intentos fallidos, con la ayuda de unos cangrejos, los octonautas logran rescatarla.
Los octonautas deben evacuar un pez globo gelatinoso que se mueve lentamente antes de que un volcán submarino entre en erupción.
Los octonautas vigilan a un ladrón, que resulta ser un cangrejo decorador, y les roba sus cosas para decorar su caparazón.
Cuando Dashi es tragada por un tiburón ballena que pensó que era una cueva, los octonautas se aventuran a entrar para rescatarla.
Algunos agujeros misteriosos que siguen apareciendo en el equipo de los octonautas resultan ser obra de tiburones cortadores de galletas cuya bioluminiscencia inicialmente los hizo invisibles contra la luz que bajaba de la superficie del mar.
Shellington queda atrapado por una medusa ortiga de mar mientras observa anguilas de jardín en el GUP-E. Capitán Polar, Cuasi y Pepe intentan salvarlo, pero el Capitán Polar es picado por una medusa. Afortunadamente, Pepe lo cura con vinagre y luego va a salvar a Shellington junto con Kwazii.
El sistema de control de memoto diseñado por Tweak comienza a fallar en todas las GUPS, por lo que el Capitán Polar y Kwazii se ven obligados a perseguirlos con el GUP-F impulsado por pedales. Por suerte, se persuade a algunos veloces peces vela, los peces más rápidos del mar, para que demuestren su destreza reuniendo a los veloces Gups.
Cuando Pepe realiza una inmersión de entrenamiento en solitario en la Zona de medianoche, se encuentra con un calamar vampiro herido. Cuando se asusta por la llegada repentina de Kwazii y el Capitán Polar, los rocía con moco bioluminiscente pegajoso y huye, pero al final, Pepe puede ayudarlo.
Las obras hidráulicas del Octomódulo se obstruyen con peces ballesta de arrecife asustados. Los octonautas deben encontrar una manera de eliminarlos.
Los octonautas ayudan a un cangrejo araña de 100 años que tiene una pata atrapada en una almeja gigante mientras se dirigía a su propia fiesta de cumpleaños número 100. Resulta que Kwazii le tiene miedo a las arañas, pero aun así ayuda, aunque al principio pensó que era una araña real.
El submarino favorito de Kwazii, el GUP-B, desaparece en un enorme bosque de algas debido a que Kwazii presionó el botón de expulsión mientras el motor estaba activo (algo que Tweak le aconsejó que no hiciera) y Kwazii, el Capitán Polar y Shellington deben recuperarlo, reuniéndose criaturas extrañas e interesantes en el camino.
Con la mitad de la tripulación varada en un estanque de rocas debido a la marea baja, Pepe y Tweak ayudan a sacar un cangrejo ermitaño atascado del caparazón que se le ha quedado pequeño.
Los octonautas son perseguidos por un tiburón de punta blanca solo para descubrir que todo lo que realmente necesitaba era un pez piloto para limpiarse los dientes, y resulta que acaban de conocer a un pez piloto solitario que está hambriento de acción.
Los octonautas llevan a un grupo de ballenas beluga atrapadas bajo el hielo a un lugar seguro al hacer que sigan a Pepe mientras toca la misma melodía que la canción de la beluga en su xilófono.
Después de un temblor submarino, un pepino de mar herido llamado Slippy se escapa dentro del Octomódulo, así que no podrá respirar sin agua, ¡inundan el octomódulo al completo para poder salvarla!
Los octonautas compiten contra el tiempo para rescatar a la amiga de Tweak, una tortuga laúd llamada Sandy, cuando es arrastrada por una corriente (que conduce a un remolino) desde la costa australiana donde estaba a punto de poner sus huevos.
En el Atlántico Norte, Kwazii (Cuasi) busca en el naufragio hundido de su abuelo pirata, Calico Jack, su catalejo de oro. Está custodiado por mixinos ciegos (anguilas de baba), pero su baba lo ayuda inesperadamente cuando se atasca. Kwazii termina dejando el catalejo porque ahora es el hogar de criaturas marinas.
El Capitán Polar y Pepe se pierden en el helado mar Ártico cuando la GUP-E queda atascada en un iceberg y el localizador de la Gup se daña. Afortunadamente, una manada de orcas ayuda a Kwazii a encontrarlas.
Una estrella de mar llamada Twinkle se ha perdido en la playa, pero los octonautas tienen que buscar en el mar de arriba a abajo para encontrar su hogar, ya que hay casi 2000 especies de estrellas de mar que viven en todos los niveles del océano. En un arrecife en la Sunlight Zone se encuentran con una estrella de mar girasol y un pez globo puercoespín depredador. En la Zona Crepuscular se encuentran con estrellas quebradizas y son perseguidos hasta una cueva por una anguila lobo, donde notan que Twinkle brilla en la oscuridad, lo que significa que es de la Zona de Medianoche. Terminan estrellando el Gup en el fondo de una fosa oceánica, pero luminosas estrellas de mar les iluminan el camino.
Los octonautas deben rescatar a Pepe cuando queda atrapado dentro de un ctenóforo gigante.
Un pequeño camarón con una gran garra hace un ruido tan fuerte que aturde a los octonautas. Un video hecho por Dashi revela que el sonido y la onda de choque que lo acompaña son causados por el camarón haciendo una burbuja de cavitación con su garra.
El hermano menor de Pepe, Pinto, visita a los octonautas y recibe un parche en el ojo de Kwazii. Se vuelve más interesado en ser un pirata que un enfermero (afirmando que quería ser un octonauta 'real' como Kwazii). Pero cuando ayuda al Capitan Polar, Kwazii y Pepe en una misión para ayudar a escapar a Dashi y Shellington, comienza a gustarle ser sanitario. Este es el único episodio en el que la octo alarma sonó sola, donde no se filmó a nadie presionando ninguno de sus botones hasta un episodio posterior en la cuarta temporada.
El octomódulo se trae un enorme elefante marino a vivir dentro para que pueda mudar de piel con seguridad, ya que hacerlo bajo el agua es peligroso. Pero luego se queda más tiempo de lo esperado en el Octopod.
Los octonautas deben trabajar juntos como equipo para ayudar a una sardina perdida a encontrar su banco.
En un raro viaje a aguas dulces (un río), los octonautas siguen a algunas anguilas migratorias y ayudan a una anguila herida en su difícil viaje cuando se queda varada de las demás.
Pepe y la pandilla intentan curar un arrecife reemplazando los corales blanqueados con un injerto de coral sano, pero una manada de jovenes delfines juguetones les hacen travesuras hasta que descubren que ayudar también puede ser divertido.
Kwazii (Cuasi) descubre el mapa del tesoro de Parrot Island de Calico Jack detrás de una foto antigua. Mientras buscan la isla, se encuentran con un pez loro, que les ayuda a eliminar las densas algas y a esconderse de las viciosas morenas.
Algunos rayas torpedo eléctricas le dan al Octomódulo una descarga eléctrica cuando sus baterías se agotan durante un viaje para ver a la amiga de Tweak, Sandy, la tortuga marina laúd.
Los octonautas exploran la parte más profunda del océano donde nunca llega la luz del día y encuentran algunos respiraderos hidrotermales donde viven peces, lapas y gusanos tubulares, y también descubren una nueva especie de gusano que se incluirá en el libro de Shellington.
Los octonautas limpian y reparan el Octomódulo, pero los fuertes ruidos que están creando dos ballenas azules confunden el sonar, son ballenas desorientadas que en su búsqueda casi chocan contra la nave.
Después de una tormenta, los octonautas ayudan a un caballito de mar hembra a buscar a su pareja perdida. ¡Ella les dice, para sorpresa de Kwazii, que el caballito de mar macho desaparecido está a punto de dar a luz a crías de caballitos de mar!
Los octonautas aterrizan en una isla para hacer un picnic, pero primero deben ayudar a unos cangrejos atrapados entre dos grupos de anémonas agregadas en guerra. Mientras tanto, de vuelta en el Octomódulo, una horda de pudines fuera de control viene a atacar.
El Capitán Polar le permite a Tunip usar su Octo-compass. Pero cuando Tunip lo pierde, se lo lleva una sepia que sabe camuflarse a la perfección.
Los octonautas cuidan de un tiburón limón que se lastimó la nariz y no puede encontrar el camino a casa. Luego el veloz tiburón les ayudará a rescatar a sus amigos de una cueva llena de lava.
Un delfín bebé sigue a Kwazii (Cuasi) a casa mientras lo cuida y los octonautas deben buscar a su madre.
Pepe se atasca en una fosa oceánica cuando la batería del GUP-E se agota y es sorprendido por un extraño pez de aguas profundas con una cabeza transparente: un Spookfish (pez duende) llamado Boo, cuya capacidad de ver verticalmente es útil cuando el GUP-C hace retroceder al GUP-E por el estrecho desfiladero.
Dashi vislumbra una criatura escurridiza que parece ser una serpiente marina gigante y logra fotografiar su cola. La verdad es más extraña que la ficción cuando parece ser un pez remo asombrosamente largo.
Los octonautas deben rescatar a Pepe cuando queda atrapado dentro de un ctenóforo gigante.
El equipo se está preparando para un festín de algas rojas en las Islas Galápagos, ¡pero un trío de iguanas marinas que estornudan sal asaltan al Octomódulo y se lo comen todo!
Abajo, en la oscuridad de las profundidades del océano, Pepe y los octonautas deben ayudar a un pequeño tiburón linterna enano herido. ¡Pero primero tienen que encontrarlo!
Los Octonautas tras naufragar en una remota isla desierta, conocen a Paani, un mono científico que estudia el agua. Paani los lleva hasta unos animales que necesitan beber con urgencia.
Pepe y Dashi salvan a una manada entera de renos cuando un rio de lava inunda el lugar donde vivían en Isalndia.
Kwazzi y Calico Jack le buscan un nuevo lugar donde vivir a unos escarabajos.
Dashi se enfrenta a fueres vienos antárticos para rescatar al abuelo de Kuazii, Calico Jack.
El profesor ideas y Paani ayudan a una salamandra siberiana a esquivar un peligroso gas explosivo.
Tras un alud de barro, una pobre serpiente se queda sin hogar, Dashi, Tweak y Victor buscan aguas termales para ofrecerle una nueva casa a la serpiente.
El quipo de Octonautas ayudarán a unos pecesitos diablo a encontrar su comida.
Se aproxíma una inundación, Dashi y Koshi llevarán a unas criaturas a unas zonas altas para poder así salvarlas.
Para salvar a un págalo, el profesor Natquik y Paani usan un rio subterráneo para orientarse.
Min y Dashi protegen a un grupo de orugas durmientes de los depredadores.
El hermano pequeño de Pepe, Pinto, acompaña a Dashi en varias misiones antes de regresar a casa.
Los Octonautas usarán su nueva nave para poder poner a salvo a varios animales ante el peligro de derrumbe de una montaña.
Está a punto de terminarse el bambú de la zona, asi que intervienen los Octonautas para buscarle un nuevo hogar a un Panda gigante repleto de fresco Bambú.
Se aproxima un fuerte huracán y el equipo de los Octonautas junto al guardabosques Marsh deben evacuar a todos los animales para ponerlos a salvo.
Los Octonautas acuden al rescate de un gobio que anda perdido en alta mar, su misión devolverlo a su casa en agua dulce.
Tracker y Kwazii atraviezan un desierto cuando se topan con un topo justo antes de una tormenta de arena.
Paani debe impedir que unas ratas se coman a unos pequeños insectos en peligro de exintición en Nueva Zelanda.
Los Octonáutas deben internevir cuando descubren unos lirones sonámbulos a punto de meterse en problemas que los pondrán en peligro.
Calico Jack y Kwazii rúnen a una mamá patito con sus huevos.
Mientras estaban explorando una gigantesca cueva del rio, Shellington, Cuasi y Ryla, se topan con una tigresa que deberá ser rescatada.
Tras un enorme incendio, los Octonautas ayudan a un pobre armadillo a limpiar toda la cerniza que ha quedado esparcida por la zona.
Tweak y Dashi, en brasil, ayudan a las hormigas de fuego a construir un fantástico puente tras la reciente subida de un rio cercano.
Los Octonautas ayudan a los zorros voladores a apaciguar el intenso calor australiano.
El equipo de los valientes Octonautas buscan comida para unos frailecillos con muchísima hambre, cuando los lanzores se marchan a aguas más frías.
Un pangolín ayuda a Victor a escapar de unas rocas.
Los octonautas viajan por Navidad a la casa de la infancia del profesor Idea, una montaña submarina, pero pronto se involucran en una misión de rescate cuando un desprendimiento de rocas pone en peligro un raro coral dorado de 500 años y atrapa al sobrino del profesor Inkling (Idea), Squirt. También aprenden sobre los gusanos del árbol de Navidad que viven en agujeros en las rocas. Crucial para completar la misión es el nuevo vehículo pesado GUP-X que Tweak ha construido como un regalo anticipado para el Capitán Polar.
En este especial musical, los octonautas deben encontrar la manera de contener a los hambrientos enjambres de estrellas de mar Corona de espinas para salvar el frágil hogar de arrecife de un nuevo amigo.
Cuando los volcanes al rojo vivo inician una reacción en cadena de desastres en el océano, los octonautas deben trabajar juntos para enfrentar su mayor desafío hasta el momento. Usan el GUP-Z recientemente creado, (Z1, Z2, Z3, Z4, Z5, Mega Gup Z y Gup Z Mantis Shrimp Mode), para salvar a muchas criaturas, incluida una ballena de Omura, algunos pingüinos de barbijo y muchas criaturas más, de varios volcanes y un volcán gigante.
Los octonautas se embarcan en una aventura submarina navegando por un conjunto de desafiantes cuevas submarinas para ayudar a un pequeño pulpo a regresar a su hogar en el Mar Caribe.